Nu får planterne stregkoder

Forskere har udviklet en fælles standard for at identificere planter. Den nye stregkode er baseret på to bestemte gener og vil blandt andet kunne bruges til at spore illegal handel og invasive arter.

Læs artiklen med kommentarer på ing.dk

Et internationalt team af forskere fra ti lande er blevet enige om en standard til en dna-stregkode, der skal kunne identificere alle planter i verden. Ved at vælge to bestemte gener, som findes i næsten alle planter, har forskerne nu en slags nummerplade, der gør det meget lettere at samle, bruge og sammenligne den eksisterende viden om alverdens planter.

Allerede i 2003 brugte en række biologer dna-stumper som en slags stregkoder til at identificere cirka 60.000 dyr i naturen. Det viste sig dog, at disse dna-stumper ikke kunne bruges til planter.

I flere år har botanikere og andre biologer derfor diskuteret forskellige kandidater, som ville kunne bruges til den meget diverse gruppe af planter på Jorden. De er nu kommet frem til at bruge udsnit fra generne rbcL og matK.

Stregkoden vil kunne aflæses på ganske små mængder eller fragmenter af planterne. Den vil blandt andet kunne anvendes til at forebygge illegal handel med truede arter, til identifikation af invasive arter, til analyse af forgiftninger og til retsmedicinske efterforskninger.

Desuden vil den nye standard gøre det muligt at få et overblik over plantediversiteten i de forskellige hotspots på kloden og hjælpe til med at udvikle effektive naturbevarende foranstaltninger.

»Identifikation af planter er et vigtigt bindeled mellem en plante og den information, som vi har om planten,« siger lederen af arbejdsgruppen for planter inden for Konsortiet for 'the Barcode of Life' (CBoL) i en pressemeddelelse.

»Det er ikke muligt at vide, om en plante er hyppigt forekommende eller sjælden, om den er giftig eller spiselig, om den handles legalt eller illegalt osv., med mindre den kan identificeres.«

Mange kriterier nødvendige
Planter er kendte for ikke at kunne identificeres ordentligt. Især unge planteskud, små fragmenter og planter, som ikke blomstrer, er svære at blive klog på. Biologerne mener, at der finde cirka 400.000 forskellige plantearter, og mange af dem ser meget ens ud.

En effektiv identifikationskode kræver derfor, at dna-stregkoden er let tilgængelig for langt de fleste planter, at den nem at sekventere og at koden er tilpas unik for hver enkel af arterne, så man undgår dobbelt- eller tvetydigheder.

Ved at analysere 907 prøver, som repræsenterede 445 forskellige blomstrende arter, 38 nøgenfrøede og 67 såkaldte cryptogame arter, kunne forskerne, i deres artikel i det nye nummer af Proceedings of the National Academy of Sciences, anbefale en 2-locus kombination af genfragmenter fra generne rbcL og matK, som giver en gennemsnitlig succesrate på 72 procent.

Det lave tal er dog ikke ensbetydende med en 28 procents fejlrate, betoner artiklens medforfatter Peter Hollingsworth, leder af genetik og bevaring ved Royal Botanic Garden, Edinburgh i Skotland, over for Ingeniøren.

»Det betyder 72 procent korrekt identificerede, og resten identificeres som hørende til en relateret gruppe af arter. At kunne reducere ned til en lille gruppe af muligheder er selvfølgelig meget brugbart,« siger Hollingsworth.

Planter sværere end dyr
Og når teknikken vil blive brugt inden for et bestemt geografisk område, vil succesraten blive endnu højere.

»Men selvfølgelig,« forklarer Hollingsworth »jo mere vi kan kende forskel på arterne, jo bedre. I fremtiden vil vi sikkert finde måder at forbedre diskriminationsraten. Vores paper foreslår bare et godt sted at starte en koordineret brug af sekventeringsteknologier for dna-identifikationen af planter.«

Gitte Petersen fra Naturhistorisk Museum i København peger også på at planter er meget sværere at identificere end dyr.

»I en stegkodningssammenhæng er problemet hos dyr, at sekvenserne er så variable, at der er en stor sekvensvariation inden for en art, som måske endda overlapper med variationen hos andre arter,« siger hun til Ingeniøren.

»Hos planter er de fleste sekvenser så lidt variable, at to eller flere nærtbeslægtede arter kan have helt ens sekvenser. Det er derfor, at vi nu har valgt ikke bare én men to sekvenser som en samlet plantestregkode. Det giver simpelthen lidt ekstravariation, men faktisk stadig ikke helt nok til at adskille alle arter,« siger Gitte Petersen

»Når valget er faldet på præcis matK og rbcL skyldes det altså en kombination af højt variationsniveau (især matK er en af de allermest variable regioner i kloroplastgenomet), høj universalitet og sekvenskvalitet.«

Såsnart forslaget er vedtaget, vil forskerne gå i gang med at bygge store dna-biblioteker for de mange plantearter. En af planerne er er at lave en dna-database over de 100.000 forskellige træ-arter, der findes, hvoraf mange er bevaringsværdige eller har en stor økonomisk betydning.

0 comments:

There was an error in this gadget